O Centro Universitário Franciscano tem sua origem na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras Imaculada Conceição (FIC) que, aprovada pelo Decreto Presidencial nº 37.103/55 foi instalada oficialmente aos 27 de abril de 1955. Em 16 de maio do mesmo ano, pela Portaria 144/55 do Ministério da Educação, foi autorizado a criação da Escola de Enfermagem Nossa Senhora Medianeira (FACEM). Enquanto a FIC tinha por finalidade a formação de professores, mediante cursos de licenciatura, a FACEM formava profissionais enfermeiros. Ambas pertencentes à mesma mantenedora: Sociedade Caritativa e Literária São Francisco de Assis, Zona Norte – SCALIFRA-ZN entidade beneficente e filantrópica, mantenedora de instituições de educação básica e superior.

Pela Portaria 1042 de 14 de novembro de 1995 as duas instituições se integraram e passaram a denominar-se Faculdades Franciscanas. A seguir, planejou-se o crescimento institucional e, aos 30/9/1998 por Decreto Presidencial a instituição passou a denominar-se Centro Universitário Franciscano (Unifra). Atualmente a Unifra caracteriza-se por ser uma instituição universitária que se identifica pela qualidade dos cursos que oferece. Vinculada ao contexto local, atrai estudantes de diversas regiões do país. Possui um quadro de profissionais preparado com o conhecimento e a prática para gestão e a docência universitária.

Desenvolve o ensino vinculado à pesquisa e à extensão, aplicando metodologias de ensino que resultam do seu projeto educativo no compromisso com a formação de profissionais aptos a se inserirem no mercado de trabalho, conscientes de que aprender é um processo para toda a vida.