O Centro Universitário Franciscano através da Pró-Reitoria de Pós Graduação, Pesquisa e Extensão - PRPGPE, oferece três cursos na modalidade stricto sensu.
- Mestrado Profissionalizante em Ensino de Física e de Matemática, um dos primeiros cursos nesta modalidade na área de Ensino na Região Central do RS.
- Programa de Pós-graduação em Nanociências: Mestrado e Doutorado. Os cursos são referência nacional nesta área, sendo um dos pioneiros na região sul do Brasil.