No Centro Universitário Franciscano, são oferecidos 33 cursos de graduação na modalidade ensino presencial, além do curso Técnico em Enfermagem, e pretende-se também implantar a modalidade de educação a distância (EaD), reconhecida por sua excelência acadêmica e pela agregação de valor humano e tecnológico.

Os cursos de graduação da Unifra estão divididos em quatro áreas do conhecimento, que são: ciências da saúde, ciências sociais, ciências humanas e ciências tecnológicas.

Na Pró-reitoria de Graduação (Prograd), coordena-se a política de graduação da Instituição, objetivando a ampliação da oferta de vagas com qualidade de ensino, a fim de buscar a transformação da sociedade por meio da formação científica, profissional, tecnológica e cidadã.