No Centro Universitário Franciscano, são oferecidos cursos de especialização nas quatro áreas do conhecimento: ciências sociais, ciências humanas, ciências da saúde e ciências tecnológicas.
Nos cursos lato sensu é permanente a busca por temas que complementam a formação acadêmica da graduação e que possam inserir o estudante diretamente no mercado de trabalho ou preparar para a pós-graduação stricto sensu.
Atualmente, destacam-se mais de 30 projetos de cursos lato sensu ofertados na instituição. Como cursos inovadores para a região cita-se Cinema, Cinesioterapia, Projetos de Espaços Comerciais, Direito: novas tecnologias informacionais, Psicopedagogia, entre outros exemplos.